Op 19 september 2008 werd een wijziging van de Vlarem-wetgeving goedgekeurd. Deze zogenaamde ‘Vlarem actualisatietrein’ verandert Vlarem I en II ingrijpend (indelingscriteria, milieuvoorwaarden,…). Op 27 januari 2009 werd het besluit bekend gemaakt in het Belgisch Staatsblad en op 1 maart 2009 trad de wetgeving in werking.
Met de goedkeuring van de nieuwe Vlaremtrein werden ook alle aanvraagformulieren (melding, milieuvergunning) grondig aangepast en werden een aantal nieuwe (aanvraag)formulieren voorzien. De formulieren zijn afgestemd op de - toekomstige - digitale indiening van de vergunningsaanvragen (elektronisch milieuvergunningenloket).